Aguni nằm ở trên biển Hoa Đông. Ngôi làng nằm cách 60 km (37 dặm) về phía tây bắc của Naha, Okinawa, thủ đô của tỉnh Okinawa trên đảo Okinawa. Đảo Aguni trải dài 3 km (1,9 mi) từ bắc xuống nam và 4 km (2,5 mi) từ đông sang tây. Aguni là một hòn đảo nằm ở vị trí thấp với điểm cao nhất chỉ đạt 97,3 mét (319 ft).Aguni đối diện với Tonaki và Quần đảo Kerama ở phía nam và Đảo Kume ở phía tây nam. Thị trấn bao gồm ba quận: Hama, Higashi và Nishi.